я всегда делаю через командную строку
DISKPART>list disk (обратите внимание на номер, который соответствует Вашей флешке)
DISKPART>select disk номер-флешки-из-предыдущей-команды
DISKPART>clean
DISKPART>create partition primary
DISKPART>select partition 1
DISKPART>active
DISKPART>format FS=NTFS /q
DISKPART>assign
DISKPART>exit